Rzymskokatolicka parafia w Dubnie została powołana w roku 1612 przez biskupa łuckiego i brzeskiego, ks. Pawła WOŁUCKIEGO. Fundatorem pierwszego drewnianego kościoła parafialnego był książę Dymitr Korybuł Wisniowiecki. Kościół ten przetrwał około 150 lat lecz wskutek starości zawalił się, w czym podobno dopomogła mu silna wichura.

Ówczesny proboszcz dubieński, biskup Jan Kaczkowski, kosztem własnym i miejscowych parafian rozpoczął budowę nowej świątyni, lecz z braku pieniędzy, po wybudowaniu fundamentów i części murów prace przerwano. W tym czasie nabożeństwa odprawiane były w prowizorycznie zbudowanej kaplicy drewnianej.

W 1811 roku, miał miejsce w Dubnie groźny pożar, który zniszczył dużą część miasta i wówczas to spłonęła kaplica a wraz z nią księgi parafialne i dokumenty kościelne świadczących o posiadanych przez parafię majątkach ziemskich. W tej sytuacji nabożeństwa parafialne zostały przeniesione do kościoła O.O.Bernardynów, gdzie odprawiały się do czasu pobudowania nowego kościoła farnego.

Po śmierci śp. Biskupa Jana Kaczkowskiego, jego następca na probostwie w Dubnie, ks. Alojzy Osiński, prałat łucki rozrzuciwszy dawne już zniszczone mury, rozpoczął w 1817 roku, budowę obecnego kościoła farnego, pod wezwaniem św. Jana Nepomucena, który został ukończony po 13 latach i dnia 1 listopada 1830 roku poświęcony przez ks. Mariana krzyżanowskiego, również prałata łuckiego.

W okresie między I i II wojną światową dubieńska parafia  znacznie się powiększyła liczebnie, z powodu przybycia na te tereny dużej liczby Polaków, tak że w 1938 roku liczyła ok. 5 tysięcy wiernych. Dubno było wówczas siedzibą dekanatu, do którego należały parafie: Beresteczko, Dubno, Łysin, Młynów, Ołyka, Ptycza i Złoczówka (dawniej jeszcze Krupiec i Tarakanów). Przez wiele lat proboszczem był ks. Prałat Stanisław Kuźmiński, który wyjechał do Polski po 1945 roku. Wikariuszem przed wojną był ks. Henryk Ćwikliński, a ks. Przonka i ks. Hipsz prowadzili katechezę w miejscowym gimnazjum. Organistą był Kopcewicz.

W czasie wojny, kościół działał w miarę normalnie. W trakcie okupacji niemieckiej, stanowił punkt oparcia dla Polaków, którzy z okolic chronili się do Dubna.

Po zakończeniu wojny, w 1946 roku kościół miał być zamknięty, co jednak nie nastąpiło. Kościół funkcjonował jeszcze przez 13 lat. Przez pewien okres opiekę duszpasterska sprawował ks. Wysokiński, który później został zmuszony przez władze do wyjazdu do Winnicy. W latach 1948 -1958 do kościoła farnego w Dubnie dojeżdżał z posługą o. Serafin Kaszuba OFMCap, wędrowny duszpasterz wielu wołyńskich parafii. Kościołem wówczas zajmowała się grupa wiernych, wśród których aktywnie działała Teodora Wróblewska, nauczycielka byłego gimnazjum. Największą dolegliwość stanowiły stanowiły wtedy duże podatki, które  trzeba było płacić pod groźbą represji oraz natychmiastowego zamknięcia kościoła . Pani Teodora interweniowała w tej sprawie w Moskwie a po pieniądze na podatek jeździła do ks. Wysikińskiego do Winnicy. Ostatecznie kościół został zamknięty przez Radę Rejonową w Dubnie na mocy rozporządzenie nr 538 z dnia 21 października 1959 roku. Budynek przekazano miejscowej szkole sportowej.

W trakcie przeróbki na sale sportową, całe wyposażenie kościoła, w tym piękny barokowy ołtarz, ołtarze boczne, organy , ławki i inne sprzęty, zostały zniszczone i wywiezione , rozebrano chór. W zakrystii urządzono sanitariaty, dobudowano piętro nad prezbiterium, wybito przejście do dalszej części za prezbiterium, gdzie urządzono biuro i szatnie. Zwalono zwieńczenie ściany frontowej z krzyżem, napis na frontonie „GLORIA TIBI DOMINE 1832” zastąpione napisem DZIECIĘCA  SPORTOWA SZKOŁA, a w miejsce figury Chrystusa, umieszczono rzeźbę dyskobola. W tym czasie ci wierni, którzy potrzebowali posługi kapłańskiej i sakramentów, dojeżdżali do czynnego przez cały okres kościoła w Krzemieńcu, gdzie posługę przez 17 lat pełnił ks. Marcjan Trofimiak (późniejszy Ordynariusz Diecezji Łuckiej).

Z początkiem lat dziewięćdziesiątych grupa wiernych na czele z panią Maria Bożko, podjęła starania o odzyskanie kościoła. Statut parafii został zarejestrowany przez Rówieńską Radę Obwodowa na podstawie rozporządzenia nr 221 z 3 grudnia 1991 roku, co jednak nie oznaczało oddania kościoła wiernym. Po zarejestrowaniu parafii pierwszą Mszę św. odprawił ks. Czesław Szczerba w domu Pani Marii Bożko dnia 20 marca 1992 r., natomiast 29 marca 1992 r. ks. bp. Marcjan Trofimiak dzięki uprzejmości dyrekcji szkoły sportowej (świątynia przez pewien czas była udostępniana wiernym na niedziele i święta) odprawił pierwszą mszę św. w odzyskanym kościele. Ostateczna oficjalna decyzja o zwrocie kościoła została wydana przez Radę Miejską w Dubnie, w piśmie nr 64 dnia 9 lutego 1994 roku. Tak zakończył się okres nieistnienia kościoła farnego w Dubnie, a zaczął czas jego odrodzenia.

Po zarejestrowaniu na nowo parafii rzymskokatolickiej w Dubnie pierwszym posługującym kapłanem został ks. Czesław Szczerba, a następnie ks. Tadeusz Mieleszko.

Remont kościoła rozpoczął ks. Tadeusz Mieleszko w roku 1994 od wymiany blachy na dachu, co wiązało się również z potrzeba częściowej rekonstrukcji spróchniałej więźby dachowej.

Od lipca 1996 roku parafie przejął stały proboszcz ks. Tadeusz Bernat, który w krótkim czasie dokonał, wraz  z nieliczną grupa parafian olbrzymiego dzieła. Wyremontował część mieszkalną za prezbiterium, zakrystię i prezbiterium oraz salę spełniająca rolę jadalni. Usunięto wszelkie pozostałości po szkole sportowej, uzupełniono tynki w nawach bocznych, została zrobiona nowa instalacja elektryczna, odbudowano chór.

Kolejne zakończone etapy odbudowy kościoła są świętowane przez miejscowa społeczność parafialna, przeważnie odbywa się to w dniu odpustu Św. Jana Nepomucena przy udziale pielgrzymów – tzw. białych parafian, dziś mieszkających w różnych krajach. Od września 1997 roku na prośbę proboszcza Jego Ekscelencja abp Marian Jaworski nadał parafii drugi odpust Podwyższenia Krzyża Świętego, jako wotum za ocalenie krzyża z dawnego kościoła.

Po ks. Tadeuszu Bernacie przez rok z posługą duszpasterską dojeżdżał do parafii ks. Władysław Czajka - proboszcz z Równego. W latach 2000-2007 proboszczem w Dubnie był ks. Aleksander Hamalijczku, a od dnia 14 września 2007 r. ks. Grzegorz Oważany. W okresie od 01 października 2015 r. do 30 września 2018 r. wikariuszem parafii był ks. Marcin Ciesielski.